El objetivo principal del IMARPE es la investigación científica y tecnológica del mar y los recursos que alberga, por ello, se han establecido áreas de investigación, cada una con objetivos de estudio independientes, pero que finalmente se interrelacionan en el análisis global. Paralelamente a estas áreas, se desarrollan investigaciones sobre recursos o fenómenos específicos, en respuesta a su existencia o evolución en el área geográfica que está bajo su influencia. 

Las principales áreas de investigación que desarrolla este Laboratorio son:

I.    ÁREA DE RECURSOS Y PESQUERÍAS

1. Seguimiento de la Pesquería de Recursos Pelágicos

2. Seguimiento de la Pesquería de Recursos Demersales y Costeros

3. Seguimiento de la Pesquería de Recursos Invertebrados

4. Estudios en Biología Reproductiva

5. Evaluación Poblacional de Bancos Naturales

6. Estadísticas Pesqueras 

II.   ÁREA DE SALUD DE ECOSISTEMAS ACUÁTICOS Y BIODIVERSIDAD

1. Estudios Ambientales e Hidrológicos

2. Estudios Bioecológicos 

III.  ÁREA DE ACUICULTURA Y BIOTECNOLOGÍA

1. Estudios en Acuicultura

2. Estudios en Sanidad Acuícola